Lambang Daerah Kota Bau-Bau di tetapkan melalui Perda No 1 tahun 2003. Adapun arti dan makna logo Kota Bau-Bau dapat dijelaskan sebagai berikut :

Warna Dasar Kuning, melambangkan kejayaan dan kemuliaan masyarakat Kota Bau-Bau yang pernah dicapai pada masa silam.

Garis Berwarna Biru, yang melingkari sisi perisai kelopak bunga melambangkan Kota Bau-Bau sebagai Daerah Pesisir.

Perisai Kelopak Bunga berbentuk 4 (empat) sisi, menggambarkan / melambangkan falsafah masyarakat Buton (Kota Bau-Bau), yaitu "Sara Pataanguna" sebagai kristalisasi nilai-nilai kehidupan bermasyarakat meliputi :
- Poma-maasiaka (kasih-mengasihi)
- Pomae-maeaaka (segam-menyegani)
- Poangka-angkataka (hormat-menghormati)
- Popia-piara (saling melindungi - pelihara - memelihara)

Bintang, melambangkan agama atau kepercayaan dan keyakinan masyarakat terhadap Tuhan Yang Maha Esa.

Benteng, melambangkan persatuan dan kesatuan serta perlindungan kepada masyarakat.

Nenas, melambangkan kepribadian masyarakat Kota Bau-Bau yang ulet, tegas tapi hatinya manis dan ramah serta dapat hidup dimana saja.

Pintu Gerbang, melambangkan keterbukaan, baik menyangkut hati/jiwa masyarakat maupun daerahnya.

Garis Merah Putih, yang mendukung berdirinya Benteng melambangkan bahwa Kota Bau-Bau adalah bagian yang tak akan pernah terpisahkan dari Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI).

Padi dan Kapas, melambangkan kesejahteraan dan kemakmuran yang menjadi cita-cita berdirinya Daerah Otonom Kota Bau-Bau.