Kegiatan perdagangan yang berlangsung di Kota Bau-Bau mencakup perdagangan berskala lokal dan regional. Komoditas yang diperdagangkan dalam skala lokal mencakup kebutuhan barang primer, sekunder dan tersier atau campuran. Barang yang diperdagangkan dalam skala regional atau nasional bervariasi mulai dari hasil tangkapan ikan laut, perkebunan dan lainnya. Untuk perdagangan skala regional dan nasional Kota Bau-Bau berhubungan dengan Surabaya, Jakarta, Makassar, Irian jaya dan sebagian ke Papua, Maluku, Nusa Tenggara, Kalimantan dan wilayah-wilayah lainnya.

Volume & Nilai Perdagangan antar Pulau menurut Hasil Bumi & Laut Tahun 2008 :

Sumber Data : Badan Pusat Statistik Kota Bau-Bau (2009), Kota Bau-Bau dalam Angka 2009,diolah.

Volume perdagangan antar pulau dari hasil bumi dan laut yang terakumulasi di Kota Bau-Bau sebanyak 12.692.517 Ton dengan nilai Rp 144.302.507.404 perdagangan antar pulau hasil perikanan, dimana total volume perdagangan pada tahun 2008 sebesar 5.978 .248,00 ton dan 64.400 biji dengan nilai sebesar Rp.47.617.261.640. Hasil perikanan terbesar yang diperdagangkan adalah agar-agar dengan nilai sebesar Rp. 29.602.318.750  dengan volume mencapai 2.697.250 ton kemudian Ikan Baby Tuna  masak dengan nilai Rp. 1.762.853.400  dengan volume 531.300 Ton menyusul ikan tongkol dengan nilai sebesar 2.613.750.840 rupiah dengan volume mencapai 811.220 ton. Sedangkan nilai hasil perikanan yang terkecil yaitu kulit mutiara dengan nilai 1.365 ribu rupiah dengan volume mencapai 210 ton

Sedangkan volume perdagangan dari hasil perkebunan pada tahun 2008 komoditas hasil perkebunan yang paling menonjol pada tahun2008 adalah coklat dan jambu mete yang mencapai masing-masing 99 tondan 83 ton, serta keduanya mengalami peningkatan produksi bila dibandingkan dengan tahun sebelumnya yaitu masing-masing sebesar2,86 persen dan 29,69 persen. Sementara itu, komoditi tanamanperkebunan yang pada tahun 2007 tidak memberikan hasil tetapi padatahun 2008 berproduksi adalah pinang dan pala masing-masing sebesar10 ton dan 1 ton, sebaliknya tanaman tembakau merupakan komoditi perkebunan yang tahun 2008 tidak mampu meghasilkan tetapi tahun sebelumnya mampu berproduksi sebesar 17 ton.

Secara umum perdagangan di wilayah Kota Bau-Bau sampai dengan tahun 2008 sudah mencakup seluruh jenis dan tingkatan dengan pola sebaran yang hampir mencakup seluruh wilayah desa/kelurahan. Jenis fasilitas perdagangan skala pelayanan lingkungan yaitu warung/kios sudah mencakup seluruh wilayah desa/kelurahan di wilayah Kota Bau-Bau. Untuk fasilitas perdagangan skala kota dan regional hanya terdapat 4 unit pasar umum dan 1 unit plaza. Fasilitas perdagangan lainnya yang menunjang kegiatan perdagangan maupun perekonomian di wilayah Kota Bau-Bau yaitu rumah makan yang seluruhnya berjumlah 84 unit dan pasar tradisional sebanyak 10 unit.

Volume Bongkar Muat Peti Kemas di Pelabuhan Murhum Tahun 2007 :

Sumber Data : Dishub Kota Bau-Bau (2008), diolah.

Jumlah kapal, arus bongkar muat dan aliran penumpang di Pelabuhan Jembatan Batu walaupun volumenya tidak sebesar di Pelabuhan Murhum, juga memberikan kontribusi yang cukup besar. Pelabuhan jembatan batu merupakan pelabuhan rakyat yang dikelola oleh pemerintah kota, saat ini juga memberikan kontribusi pada keberlangsungan perekonomian kota. Pada tahun 2007 volume muat barang pada pelabuhan jembatan batu sebesar 4.697 Ton dan volume bongkar barang sebesar 5.068 Ton. Pelabuhan jembatan batu melayani kapal barang dan penumpang antar pulau di wilayah kepulauan Sulawesi Tenggara diantaranya Kasipute, Kabaena, Talaga, Poleang (Kab. Bombana), Ereke (Kab. Buton Utara), Gu, Lakudo, Mawasangka, Kadatua, Soimpu (Kab. Buton), Wanci, Binongko, Kaledupa (Kab. Wakatobi) dan wilayah kepulauan disekitarnya yang mana Kota Bau-Bau menjadi pusat akumulasi barang-barang antar pulau yang dihasilkan dari wilayah belakangnya (hinterland) untuk kemudian di distribusikan kembali dan begitu pula sebaliknya.